No hay pruebas científicas de las causas de la transexualidad. Sin embargo, muchas teorías proponen que su causa tiene origen en la biología. Por eso, los profesionales de la salud cada vez más ven la transexualidad no como un asunto psicológico, sino como una cuestión física. Actualmente algunos sectores, entre los que se incluyen entidades religiosas o grupos políticos aún creen que las causas de la transexualidad son predominantemente psicológicas, aunque tampoco se han presentado pruebas concluyentes a este respecto. La transexualidad está relacionada con la identidad de género del individuo y ésta se ve afectada tanto por factores psicológicos como no psicológicos, pero estos últimos influyen en mayor medida.
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